Programami zarządzają dyrekcje generalne do spraw różnych dziedzin oraz służby Komisji Europejskiej, np.: Dyrekcja Generalna ds. Edukacji i Kultury, Dyrekcja Generalna ds. Zatrudnienia, Spraw Społecznych i Równości Szans, Biuro Współpracy EuropeAid, Agencja Wykonawcza ds. Zdrowia i Konsumentów.

 

Dla niektórych programów tworzone są agencje krajowe, którym Komisja powierza część zadań związanych z wdrażaniem programu. W państwach członkowskich ustanawiane są również punkty kontaktowe, których zadaniem jest promocja programu oraz informowanie i szkolenie podmiotów, które chcą się ubiegać o dofinansowanie.

 

Fundusze polityki spójności (fundusze strukturalne: Europejski Fundusz Społeczny i Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego, a także Fundusz Spójności) zarządzane są na poziomie państw członkowskich. Administracja państwowa tworzy pod kontrolą Komisji system wdrażania pieniędzy przyznanych danemu państwu.

 

Miejsce składania wniosków zależy od rodzaju finansowania. Fundusze polityki spójności zarządzane są na szczeblu krajowym i/lub regionalnym, w związku z czym wnioski są składane do władz krajowych i/lub regionalnych i przez nie oceniane. W przypadku dotacji oferowanych w programach obejmujących inne obszary polityki, wnioski należy składać bezpośrednio do Komisji Europejskiej lub agencji wykonawczej prowadzącej dany program. W niektórych programach koordynowanie wdrażania zostało delegowane na instytucje w państwach członkowskich i tam trzeba składać wnioski.