Cele Narodowej Strategii Spójności realizowane są za pomocą tzw. krajowych programów operacyjnych (przygotowanych i zarządzanych przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego) i regionalnych programów operacyjnych (zarządy województw):

• Program Infrastruktura i Środowisko (finansowany z EFRR i Funduszu Spójności),

• Program Innowacyjna Gospodarka (EFRR),

• Program Kapitał Ludzki (EFS),

• Program Rozwój Polski Wschodniej (EFRR),

• Programy Europejskiej Współpracy Terytorialnej (EFRR),

• Program Pomoc Techniczna (EFRR),

• 16 programów regionalnych (EFRR).

 

Za przygotowanie i realizację poszczególnych programów odpowiadają tzw. Instytucje Zarządzające (IZ). Dla programów krajowych zlokalizowane są w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego, a dla regionalnych – w urzędach marszałkowskich poszczególnych województw.

 

Programy operacyjne zostały przygotowane na podstawie wspomnianych wyżej Strategicznych Wytycznych Wspólnoty oraz NSS. Wszystkie programy, podobnie jak NSS, zostały zatwierdzone przez Radę Ministrów, a następnie przesłane do Komisji Europejskiej. Przez kilka miesięcy trwały negocjacje dotyczące różnych spornych zapisów. Negocjacje te zakończyły się przyjęciem przez Komisję poprawionych programów pod koniec 2007 r.