Fundusze podzielone są w ramach trzech obszarów, zwanych celami:
 

• Konwergencja (z łac. spójność): wspierany jest rozwój infrastruktury oraz potencjału gospodarczego i społecznego najbiedniejszych regionów (prawie 82% wszystkich wydatków w ramach funduszy strukturalnych);
 

• Konkurencyjność regionalna i zatrudnienie: wparcie dla innowacji i badań naukowych, zrównoważonego rozwoju oraz szkolenia zawodowego w mniej rozwiniętych regionach (prawie 16%);
 

• Europejska współpraca terytorialna: wspieranie, promowanie i realizowanie wspólnych projektów o charakterze międzynarodowym na terytorium całej Unii Europejskiej.

 
 

Ogólnie rzecz biorąc, pieniądze dzielone są tak, aby więcej dostawały regiony znajdujące się w gorszej sytuacji społeczno-gospodarczej. Wykorzystanie tych pieniędzy ma być skoncentrowane na przyspieszeniu rozwoju regionów słabiej rozwiniętych. Mniej zamożne państwa członkowskie otrzymują więc więcej niż bogatsze, a część państw, w tym Polska, otrzymuje z budżetu więcej, niż wpłaca. Można powiedzieć, że kwoty wpłacane do budżetu przez poszczególne państwa odzwierciedlają poziom ich zamożności. Jednak Wielka Brytania, Holandia, Niemcy, Austria i Szwecja korzystają ze zniżek przy obliczaniu swoich składek.

 

Według obliczeń Komisji Europejskiej[1], w Unii liczącej dziś 27 państw, do objęcia pomocą kwalifikuje się 168 regionów, o ludności liczącej 314 mln mieszkańców. Jeśli PKB na jednego mieszkańca w danym regionie jest mniejszy niż 75% średniej UE, taki region może liczyć na finansowe wsparcie w ramach celu Konwergencja.
 

W przypadku gdy wszystkie regiony danego kraju mają niski PKB, wówczas cały kraj może liczyć na wsparcie finansowe. Tak jest m.in. w przypadku Polski: wszystkie województwa otrzymują wsparcie z Europejskiego Funduszu Społecznego i Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego. W takiej sytuacji są też Bułgaria, Estonia, Łotwa, Litwa, Malta, Rumunia i Słowenia.

Są także kraje, w których tylko niektóre regiony są objęte pomocą unijną (np. część wschodnia Niemiec, niektóre regiony Wielkiej Brytanii, Grecji, Hiszpanii, Francji, Czech, Włoch, Portugalii i Słowacji).
 

Cel Konwergencja obejmuje 84 regiony w 17 państwach (154 mln mieszkańców), a także 16 regionów (populacja 16,4 mln), gdzie poziom PKB nieznacznie tylko przewyższa próg 75% średniej UE. Te ostatnie objęte są stopniowo wygasającą pomocą przejściową (określaną jako phasing-out) w związku z rozszerzeniem Unii (tzw. efekt statystyczny: PKB poniżej 75% dla UE składającej się z 15 państw przed 2004 r., ale powyżej tej wartości dla UE liczącej 25 państw po 2004 r.). Chodzi o państwa, które byłyby objęte celem Konwergencja, gdyby próg pozostał na poziomie 75% średniego PKB liczonego dla państw „starej” Unii.

 

Wszystkie regiony, które nie są objęte celem Konwergencja lub pomocą przejściową, kwalifikują się do otrzymania wsparcia finansowego celu Konkurencyjność i zatrudnienie. Do 2013 r. regiony, które były objęte dawnym Celem 1 (polityka spójności w latach 2000 – 2006 była trochę inaczej zorganizowana, ale Cel 1 także zakładał wspieranie rozwoju mniej zamożnych regionów) i których PKB przekracza 75% średniej UE-15, korzystają z malejącej pomocy przejściowej (phasing-in).

 

Cel Europejska współpraca terytorialna wzmacnia współpracę transgraniczną, ponadnarodową i między regionalną. Współpraca transgraniczna obejmuje 52 regiony leżące wzdłuż wewnętrznych granic lądowych i niektórych zewnętrznych granic lądowych oraz te leżące wzdłuż granic morskich oddalonych od siebie o nie więcej niż 150 km. W przypadku współpracy ponadnarodowej jest to 13 regionów, takich jak obszar Morza Bałtyckiego, regiony Alp i Morza Śródziemnego. Współpraca między regionalna obejmuje wszystkie regiony Europy.