Sposób, w jaki fundusze są wydatkowane, opiera się na podziale odpowiedzialności w ramach zasady partnerstwa. Zakłada ona współpracę między Komisją Europejską a odpowiednimi władzami publicznymi danego państwa na szczeblu krajowym, regionalnym i lokalnym, a także z partnerami gospodarczymi i społecznymi. Współpraca powinna istnieć zarówno na etapie programowania, jak i realizacji.
Inna ważna zasada mówi, że fundusze powinny uzupełniać fundusze poszczególnych państw członkowskich, a nie zastępować je. Działania UE nie powinny zastępować działań na szczeblu krajowym i regionalnym, ale je wzmacniać. Zgodnie z tą zasadą, dotacja, jaką mogą otrzymać na swoje projekty organizacje pozarządowe, przedsiębiorcy, gminy czy np. instytucje szkolnictwa, nie pochodzi w całości z funduszy Unii – częściowo finansowana jest z pieniędzy krajowych.
Pozostałe zasady to:
zasada subsydiarności (oznacza, że wszelkie działania powinny być podejmowane na możliwie najniższym szczeblu zdolnym do ich realizacji w obrębie regionu lub państwa członkowskiego),
koncentracji (polega na ograniczeniu wsparcia z pieniędzy unijnych jedynie do tych typów działań, które mają podstawowe znaczenie dla spójności społeczno-gospodarczej Unii),
programowania (instytucje UE kontrolują i monitorują wykorzystanie funduszy, by proces ten był zgodny z polityką UE i wytycznymi Komisji Europejskiej),
koordynacji (skupianie działań i instrumentów polityki spójności na priorytetach, które mają podstawowe znaczenie dla spójności społeczno-gospodarczej Unii).