Główne priorytety i obszary wykorzystania pomocy finansowej UE w ramach wymienionych funduszy oraz system wdrażania pomocy w latach 2007 – 2013 określone są w Narodowych Strategicznych Ramach Odniesienia. Każde państwo członkowskie zobowiązane było przygotować taki dokument zgodnie z wytycznymi Komisji. W Polsce nosi on nazwę „Narodowa Strategia Spójności” (NSS).
Narzędziami realizacji celów NSS są tzw. programy operacyjne:
• Program Infrastruktura i Środowisko (finansowany w ramach EFRR i Funduszu Spójności);
• Program Innowacyjna Gospodarka (EFRR);
• Program Kapitał Ludzki (EFS);
• Program Rozwój Polski Wschodniej (EFRR);
• Program Pomoc Techniczna (EFRR);
• Programy Europejskiej Współpracy Terytorialnej (EFRR);
• 16 regionalnych programów operacyjnych (EFRR).
Polskie programy operacyjne, w ramach których o dofinansowanie mogą się ubiegać organizacje pozarządowe, zostały opisane w części II A, natomiast programy regionalne w części II B.